食物連鎖の結果、生物に蓄積しやすい物質が上位捕食者に集中していく生物濃縮という現象が生じる。魚類に多く含まれているドコサヘキサエン酸や、フグ毒・貝毒などは、いずれも微生物によって合成された物質が食物連鎖過程で濃縮されたものである。
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食物連鎖による生物濃縮は、ダイオキシン類[1]、内分泌かく乱物質、重金属、農薬等の有害物質が問題としてとりあげられることも多い。ヒトは地球上の食物連鎖に頂点に位置しており、食事を通じて生物濃縮によって蓄積された有害成分を摂取している。汚染物質の排出源が特定・除去された後でも、土壌や湖沼の底質に蓄積されている汚染物質が食物連鎖によって濃縮されるため、暴露が長期にわたり継続する場合もある。